इटखोरी संगम है विभिन्न पंथों (प्रचलित अर्थ में ‘धर्माें’) का। यहाँ का इतिहास प्रागैतिहासिक है। भगवान बुद्ध तथा मे घामुनि की तपस्या ने इस भूमि को पवित्र किया है। पवित्र महाने व बक्सा नदी के संगम पर इटखोरी के माँ भद्रकाली मंदिर परिसर में अनादिकाल से सनातन, बौद्ध एवं जैन धर्म की आस्था की दिव्य धारा बहती चली आ रही है। सनातन धर्मावलंबियों के लिए यह पावन भूमि माँ भद्रकाली तथा सहस्र शिवलिंग महादेव के सिद्ध पीठ के रूप में आस्था का केंद्र है। वहीं बौद्धों के लिए भगवान बुद्ध की तपोभूमि के रूप में आराधना व उपासना का स्थल है। शांति की खोज में निकले युवराज सिद्धार्थ ने यहाँ तपस्या की थी। उस वक्त उनकी मौसी उन्हें वापस ले जाने आई थी। लेकिन जब सिद्धार्थ का ध्यान नहीं टूटा तो उनके मुख से ’इतखोई’ शब्द निकला जो बाद में ‘इटखोरी’ में तब्दील हुआ। जैन धर्मावलंबियों के लिए यह पावन धरा दसवें तीर्थंकर भगवान शीतलनाथ स्वामी की जन्म भूमि है। प्राचीन काल में तपस्वी मेघा मुनि ने अपने तप से इस परिसर को सिद्ध करके इसे सिद्धपीठ के रूप में स्थापित किया था। भगवान राम के वनवास तथा पांडवों के अज्ञातवास की पौराणिक-धार्मिक कथाओं से माँ भद्रकाली मंदिर-परिसर का जुड़ाव रहा है। पुरातात्त्विक दृष्टिकोण से भी मंदिर परिसर काफी महत्त्वपूर्ण है। भारतीय पुरातत्त्व- सर्वेक्षण विभाग के द्वारा
वर्ष 2011-12 तथा 2012-13 में की गयी पुरातात्त्विक खुदाई के दौरान कई पुरातात्त्विक तथ्य सामने आए है। पुरातत्त्व विभाग ने यहाँ नौवीं-दसवीं शताब्दी काल में मठ-मंदिरों के निर्माण की पुष्टि की है। इसके प्रमाण मंदिर के म्यूजियम में पुरावशेषो के रूप में सहेजकर रखे हुए हैं। सैंड स्टोन पत्थर को तराश कर बनाए गये प्राचीन मंदिरों के भग्नावशेष तथा बहुमूल्य काले पत्थरों से निर्मित प्रतिमाएँ अपने गौरवशाली अतीत की गाथा स्वयं सुनाती है। इतिहासविदों व पुरातत्त्वविदों के अनुसार नौवीं-दसवीं शताब्दी काल खंड में इस स्थल पर धार्मिक नगरी का निर्माण कराया गया था। उस वक्त यह परिसर बंगाल-मगध तथा काशी (वाराणसी) के महामार्ग का एक प्रसिद्ध पड़ाव था। 12वीं-13वीं शताब्दी काल तक इस स्थल पर सभ्यता व संस्कृति विकसित होती रही। लेकिन इसके बाद के कालखंड में किसी विध्वंस के कारण यह परिसर पूरी तरह वीरान हो गया। करीब छह सौ वर्षों तक दुनिया की नजरों से ओझल रहने के बाद 18वीं शताब्दी में स्थानीय चारवाहों व ग्रामीणों ने यहाँ जमीनदोज हुई सभ्यता व संस्कृति को ढूंढ निकाला। 1920 में भारतीय पुरातत्त्व सर्वेक्षण विभाग के अधिकारी हीरानंद शास्त्री ने यहाँ का पहला पुरातात्त्विक सर्वेक्षण किया। इसके
बाद के वर्षों में पुरातत्त्व विभाग ने कई बार सर्वेक्षण-कार्य चलाया तथा दो बार पुरातात्त्विक खुदाई भी की। वर्तमान समय में जन-जन की आस्था से जुड़ा यह स्थल पुरातात्त्विक तथा ऐतिहासिक रूप से भी काफी महत्त्वपूर्ण बन गया है।